Das 1247 gegründete Kloster Zissendorf war ein Zisterzienserinnenkloster. 1644 wurden Kloster und Klosterkirche durch einen Brand zerstört.Die Kirche wurde nach dem Neubau ab etwa 1670 wieder genutzt, 1671 wurde der angrenzende Kreuzgang erbaut.

1934 wurde es vom Kölner Zigarettenfabrikanten Heinrich Neuerburg gekauft, 1959 dann von der Caritas. Die dort eingerichtete Suchtfachklinik Sankt Mechthild wird heute als „Fachklinik Gut Zissendorf“ geführt.