Der Ortsteil Allner liegt im nördlichen Stadtgebiet oberhalb der Sieg. Der zu Allner gehörende, ehemals eigenständige Wohnplatz Müschmühle liegt östlich der B478 an der Bröl. Oberhalb von Allner befindet sich der Mühlenberg, während südlich - getrennt durch die A560 - der Allner See liegt.

Die erste urkundliche Erwähnung von Allner datiert auf das Jahr 1280, als das Augustinerinnenkloster Merten Land in der Nähe erhielt. Ende des 14. Jahrhunderts war Allner der Standort eines Rittersitzes, des späteren Schlosses Allner, im Besitz der Familie von Markelsbach.

Ursprünglich gehörte Allner zur Gemeinde Altenbödingen innerhalb der Bügermeisterei Lauthausen. Im Jahr 1969 wurde es Teil der neu gegründeten Gemeinde Hennef (Sieg).